Die Waldschule Schwanewede ist als Kooperative Gesamtschule (KGS) organisiert. Das bedeutet, dass die Schulformen des 3-gliedrigen Schulsystems der Sekundarstufe I sowie die Sekundarstufe II unter einem Dach unterrichtet werden. Von Jahrgang 7 an erfolgt der Unterricht in Klassen der drei Zweige (Hauptschule, Realschule, Gymnasium), in einigen Fächern in Kursen mit Schülerinnen und Schülern aller Zweige im so genannten „integrierten“ Bereich. Die integriert unterrichteten Fächer sind Kunst, Musik, Werken, Sport sowie der Bereich der Arbeitsgemeinschaften. Zurzeit besuchen etwa 1450 Schülerinnen und Schüler die Waldschule. Sie werden unterrichtet von 125 Lehrerinnen und Lehrern.
An der Waldschule Schwanewede besteht seit einigen Jahren eine Kooperation mit der Schule am Klosterplatz. Die aktuelle Klasse ist der dritte Kooperations-Durchlauf. Die Klasse der Schule am Klosterplatz verfügt über einen eigenen barrierefreien Klassenraum, inklusive Schallabsorber. Zudem steht der Klasse eine kleine Küche und ein eigener Differenzierungsraum zur Verfügung.
Der gemeinsame Unterricht wird mit einer Partnerklasse in einzelnen Stundenblöcken umgesetzt. Die Kooperation startet im 5. Jahrgang und ist bis Ende der 9. oder 10. Klasse angelegt. Während sich im Jahrgang 5 und 6 die Partnerklasse in der integrierten Eingangsstufe befindet, wird ab der 7. Klasse eine Kooperation mit einer Real- oder Gymnasialklasse gebildet.
Die Zusammenarbeit findet zurzeit in den Fächern Musik, Kunst, Sport, Chemie, Erdkunde, Physik und in den Arbeitsgemeinschaften statt. Außerdem werden einzelne Projekte und Unterrichtseinheiten in Mathematik und Deutsch gemeinsam durchgeführt. In der Regel findet so mindestens ein gemeinsamer Unterrichtsblock am Tag statt.
